En cuanto a la proporción del presupuesto de la Unión Europea para investigación e innovación, fijada en 100 millones de euros para el Programa Marco de Investigación y Desarrollo Tecnológico, preguntan si la investigación va a ser segura en Europa para ser competitiva con ese presupuesto. Otra de las preguntas ha tenido que ver con el papel de las universidades como elemento fundamental de innovación. En este sentido, plantean desde la CRUE cómo podrían las universidades estar mejor representadas en el futuro dentro de la estructura política y administrativa de la Comisión Europea.
En suma, mantienen la duda de su las universidades deben disfrutar de un nivel mínimo de autonomía en la Educación Superior Europea y en el Área de Investigación o cómo debería conectarse ese nivel de autonomía. Además de cómo se puede hacer para conseguir una mayor movilidad de estudiantes y graduados en Europa y cómo puede Europa a ayudar a las universidades a conseguir un mayor espíritu de comunidad en las generaciones jóvenes.