Estos son los emparejamientos:
| Real Sporting de Gijón B | Zamora CF |
| Arosa SC | SD Ponferradina |
| SD Zamudio | Real Racing Club Santander B |
| Burgos CF | Arandina CF |
| Peña Sport FC | Real Unión Club |
| CD Varea | Deportivo Alavés B |
| UD Poblense | CF Badalona |
| CD Atlético Baleares | AE Prat |
| Orihuela CF | CF Lorca Deportiva |
| Atlético Saguntino | UCAM Murcia B |
| CF Fuenlabrada | UD San Sebastián de los Reyes |
| SD Tenisca | CD Madridejos |
| San Fernando CD Isleño | Linares Deportivo |
| Atlético Mancha Real | CD Badajoz |
| Andorra CF | UD Socuéllamos CF |
| UB Conquense | CD Teruel |
Los partidos de ida, según el calendario oficial previsto, se celebrarán el día 1 de diciembre y la vuelta el día 15 de diciembre, si bien podrán disputarse en fecha anterior previa solicitud de los interesados, formulada de común acuerdo.
El sorteo de la eliminatoria de octavos de final se celebrará el viernes día 16 de diciembre de 2016, a las 13:00 horas, en la sede de la Real Federación Española de Fútbol.